办公室：负责组织协调中心日常工作和对外联络工作；负责党务、文秘、机构编制、人事、档案管理、宣传、健康教育等工作；负责财务工作；负责质量控制体系建设和实施；负责应急物资与应急设备采购储备供应、应急仓库管理、应急车辆调度管理等应急保障服务，负责安全生产、消防安全、综治维稳、扫黑除恶等安全稳定保障工作。 

　　传染病预防控制科（应急管理科）：负责新冠肺炎、流感、禽流感、手足口病、登革热等急性传染病预防控制；负责法定传染病、突发公共卫生事件、重点传染病、救灾防病等信息监测、分析、预警和风险评估；负责重大传染病疫情、突发公共卫生事件以及救灾防病应急调查处置；负责修订应急预案、应急队伍管理、应急装备物资管理、卫生应急培训演练等卫生应急组织管理工作；负责病媒生物生态学、抗药性、病原学等监测工作；负责病媒生物监测技术指导、培训工作。 

　　免疫规划管理科：负责全市免疫规划工作培训、指导和宣传；开展预防接种监测和评价工作、免规针对传染病监测与疫情处置、开展疑似预防接种异常反应监测和重大疑似预防接种异常反应的调查诊断等工作。 

　　地方病与慢性病科：负责地方病、寄生虫病和慢性非传染性疾病的预防控制及控制技术的研究和落实。 

　　卫生监测科(食品卫生科）：负责食品、环境、生活饮用水、化妆品、学校卫生监测；负责为公共卫生突发事件的应急处理提供技术支持。 

　　结核病预防控制科：负责结核病的监测、疫情信息管理；负责全市结核病防治规划的培训、技术指导和质量监控；负责结核病防制工作的实施和管理及结核病防治有关项目工作；负责指导辖区内结核病流行病学调查和疫情处置；负责组织开展结核病防治健康教育工作。 

　　艾滋病性病预防控制科：负责艾滋病性病丙肝的监测、疫情信息管理；负责艾滋病性病丙肝防制工作的实施和管理及防治有关项目工作。 

　　职业卫生科：开展重点职业病、职业性放射性疾病监测；开展职业健康风险评估；承担全市职业卫生、放射卫生等健康危害因素监测技术方案制定和指导培训等工作；开展公共卫生从业人员健康检查和职业病诊断。 

　　检验科：负责食品、化妆品、公共场所、饮用水及涉水产品、餐（饮）具监测、消毒器械、医院监测、医疗用品、卫生用品、消毒产品等各类健康相关产品的检验工作；负责疾病控制类样品受理和检验工作；负责公共卫生突发事件（食物、职业、农药中毒，化学污染事件）相关检验分析工作。 

　　物资保障科：负责后勤管理；负责综合治理及安全保卫；负责车辆管理、试剂耗材、设备管理；负责网络及系统运维。